בתהליכי רישוי, תכנון ופיקוח סביבתי פועל איגוד ערים לאיכות הסביבה – אגן בית נטופה בשיתוף פעולה עם גורמים נותני אישור שונים, בהתאם לחוק ולסוג הפעילות המבוקשת. בין גורמים אלו נמנים המשרד להגנת הסביבה, משרד הבריאות, תאגידי המים והביוב, רשויות התכנון, כיבוי והצלה וגופים רגולטוריים נוספים. האיגוד מרכז את ההיבטים הסביבתיים, מספק חוות דעת מקצועיות, מתאם בין הגורמים הרלוונטיים ומסייע לרשויות ולעסקים בהשלמת הדרישות, במטרה להבטיח עמידה בתקנות, שמירה על בריאות הציבור והגנה על הסביבה.

בנוסף, האיגוד מלווה את הרשויות והעסקים לאורך כל שלבי התהליך, משלב התכנון הראשוני ועד קבלת האישורים הסופיים, תוך מתן מענה מקצועי שוטף, הבהרת דרישות רגולטוריות וסיוע בהתאמת הפעילות לדרישות הסביבתיות. ליווי זה נועד לצמצם עיכובים, למנוע כפילויות בין הגורמים המאשרים, ולהבטיח יישום אפקטיבי של התקנות, תוך שמירה על איזון בין פיתוח כלכלי, צרכי הקהילה והגנה על איכות הסביבה.